Fakultas Sains dan Teknologi (FST) Universitas Aisyiyah Yogyakarta secara resmi berdiri pada tanggal 10 Maret 2016 bersamaan dengan ditetapkannya peralihan dari Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Aisyiyah Yogyakarta menjadi Universitas Aisyiyah (UNISA) Yogyakarta berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia. FST UNISA didirikan untuk memayungi tiga program studi di bidang Sains dan Teknologi yaitu: Arsitektur, Bioteknologi dan Teknologi Informasi